Vacation routine: ASC2020 tips (up to 02/09)

记录了这么多天弄 ASC2020 学到的一些知识，原本记录在 txt 里:-)，因此有点丑。

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1. apt unmet dependency (depend: xxx but not going to install) 错误的可能原因。
2. virtualbox 的安装增强功能可以：1）提高分辨率；2）剪切板共享；3）共享文件夹
         以及如何命令行手动安装：1）点击菜单栏里的安装增强功能会将含有 addition...iso 镜像的 cdrom 加载。
   2）mount /dev/cdrom 到一个挂载点，推荐/mnt/cdrom（即 mount /dev/cdrom /mnt/cdrom），其中cdrom可能需要自己创建。
   3）在挂载点 ./V**.run 即可。（需要有 gcc, make, perl 才能安装成功)
3. ubuntu-server 版没有 X 窗口因此无法复制粘贴，可以通过 ssh 连接。(1. 网络选择桥接模式 2. ifconfig 查看 ip 地址 3. 运行 sshd(server 版安装时可勾选 openssh，然后就会默认在 22 端口开启 ssh 服务) 4.ssh 连接

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1.  chown [-r] user:grp file
 chmod [-r] xyz file 或 chmod [-r] ugo+-=rwx file
2.  软/硬链接
 ln f1 f2 创建硬链接。f1, f2 完全对等，删除 f1，f2 文件依然存在。为操作系统课中的无环图结构。当删除掉所有硬链接后，文件才会被真正删除。
 ln -s f1 f2 创建软链接。f1 和 f2 有主从关系。f2 相当于一个很小的存储了 f1 的位置的特殊文件。删除掉 f1 后，f2 失效。
3. 
 useradd [opt] username
  -g 用户所属的组
  -G 指定多个组
  -d 指定用户主目录
  -s 指定登录的 shell
 userdel [-r] username  -r 会同时删除用户主目录
 usermod [opt] username
4.
 passwd 修改当前用户密码（需要验证）
 (root)passwd username 修改指定用户密码（无需验证）

 /etc/passwd 文件一行记录对应着一个用户
 example line：
  sam:x:200:50:Sam san:/home/sam:/bin/sh
  用户名：口令 (加密后的密码，或 x 而真实的密码位于/etc/shadow):用户标识号：组标识号:注释性描述：主目录:登录 Shell

 /etc/shadow 和/etc/group 文件格式

02/05
1. 安装 gcc
 1) linux 下安装程序可分为：
  (1) 源码安装：需要有编译环境如 gcc 环境，相对于离线安装，不用操心依赖，就是编译时间有点长。
  (2) 包安装 (已经编译为二进制文件)：通过包管理器
           在线：
    yum install package
    离线：
    rpm -ivh rpm 文件
   离线安装需要手动处理依赖。
    rpm -Uvh *.rpm --force --nodeps: 忽略依赖覆盖安装
  Ubuntu 下为 apt[-get]和 dpkg
 3) 在 centos 的镜像的 Packages 下可找到各种程序的 rpm 文件
 4) GNU/gcc 中 c, c++, fortran 对应编译器需要分开安装
2. 编译安装 mpich2
 1) 若没有 g++, gfortran ./configure 需要添加--disable-c++, --disable-fortran
 2) 还需要 perl 才能安装成功

02/06
1. Run an mpi cluster within a LAN
 1) 在每个节点创建 mpiuser(添加到 sudoers:使用 visudo 命令或 vi /etc/passwd)(ubuntu为/etc/sudoers, 更简单的方式为 sudo usermod -aG sudo 用户名)
     修改/etc/hosts 文件
 2)  ssh-keygen -t dsa(rsa is ok, too)
  ssh-copy-id cilent
  ssh cilent  (默认使用当前用户 mpiuser 登入)
 3) nfs (该 centos 上已经安装 nfs-utils-xxx, 既包含 server 又包含 client)
  (1) 在 server 上 vi /etc/exports:
   /home/mpiuser/cloud *(rw,sync,no_root_squash,no_subtree_check)
   exportfs -arv(全部，重新，显示信息 挂载)
       检查
   a. showmount [-ae] [hostname|IP]
   b. rpcinfo [-p] [IP|hostname]
   c. netstat -autp
  (2) 在client上
   mkdir cloud
   sudo mount -t nfs centos1:/home/mpiuser/cloud ~/cloud

   sudo vi /etc/fstab:
    #MPI CLUSTER SETUP
    centos1:/home/mpiuser/cloud /home/mpiuser/cloud nfs

   one line:
    (root)mkdir cloud;mount -t nfs centos1:/home/mpiuser/cloud /home/mpiuser/cloud;echo 'centos1:/home/mpiuser/cloud /home/mpiuser/cloud nfs'>>/etc/fstab
       check
   df -h
 4) mpiexec -n N --hostfile hostfile executablefile
  N: 进程数
     hostfile格式:
  MPICH2: ip/host:n  n为该节点core数
  OpenMPI: ip/host slots=n
2. run HPL
 1) root 安装导致没有 MPdir, MPinc, MPlib。决定重新安装。
 2) mpich2 和 openmpi 都是
  mkdir build; cd build
  ../configure --prefix=/path/to/install
  make; make install
     >>>from mpich2 README:169
  IMPORTANT NOTE: The install directory has to be visible at exactly
    the same path on all machines you want to run your applications
    on. This is typically achieved by installing MPICH on a shared
    NFS file-system. If you do not have a shared NFS directory, you
    will need to manually copy the install directory to all machines
    at exactly the same location.
    <<<
 全局安装会将可执行文件放在/bin, /usr/bin /usr/local/bin等里面, 库放在/lib, /usr/lib等
 而局部安装程序的所有依赖会存在于一个文件夹下，可以复制移动到其它位置执行？(需要添加环境变量)
 3) BLAS 库安装
     ATLAS:
     GotoBLAS2(Goto2):

 4) HPL&HPCG
     HPL:
  cp Make.<arch> in top-level directory
  make arch=xxx
  cd /bin/<arch>
  run xhpl
     HPCG:
  cp Make.<arch> to top/setup directory
  mkdir build
  cd build
      ../configure <arch>   #error1
  make
  cd /bin/
  run xhpcg

  #error1:/bin/sh^M: bad interpreter: No such file or directory
  #solve:
   vi ./configure
   :set ff/fileformat=unix
02/07
1. tips
 处理器型号，主频，cache 等信息：cat /proc/cpuinfo
 内存信息：cat /proc/meminfo
 磁盘信息：fdisk -l
 查看 linux 版本：lsb_release -a 

 top: 任务管理器
 free -m 查看内存使用状况
02/08
1. OpenMP 也是一个库，需要安装，目的是使得一个进程有多个线程。
2. rpm 用法：
    (已安装)
 rpm -qa  all
 rpm -q pkg 返回带版本的包名
 rpm -qi pkg info
 rpm -qf file file: 查看文件属于哪个包
 rpm -ql pkg list: 查看包安装的文件的路径
 rpm -qR pkg 依赖
 rpm -qc pkg conf: 查看包的配置文件
    (未安装加个 p 选项，且需要有包的 rpm 文件)
 rpm -qpl xxx.rpm
3. gcc -l 选项与 LD_LIBRARY_PATH
 编译时，如果不链接库 (静态/动态) 会出现 undefined reference:
  [mpiuser@izwz9fx70wphqjnuv22919z dynamic_lib]$ gcc -I./include -std=c99 -o Test Test.c
  /tmp/cc4vyXu4.o: In function `main':
  Test.c:(.text+0x302): undefined reference to `mult_s'
  collect2: error: ld returned 1 exit status
 且如果库不在标准位置如/usr/lib/处的话 (可通过 gcc -lc --verbose 查看，lc 代表 libc.a, 可换成其他库)，需要添加-L 选项，
 否则会报/usr/bin/ld: cannot find: 
  [mpiuser@izwz9fx70wphqjnuv22919z dynamic_lib]$ gcc -I./include -lfpu -std=c99 -o Test Test.c
  /usr/bin/ld: cannot find -lfpu
  collect2: error: ld returned 1 exit status
 运行时，如果链接库不在/etc/ld.so.conf 里的话，需要定义环境变量 LD_LIBTARY_PATH 才能运行
 否则会报 cannot open shared object file:
  [mpiuser@izwz9fx70wphqjnuv22919z dynamic_lib]$ bin/Test_shared
  bin/Test_shared: error while loading shared libraries: libfpu.so: cannot open shared object file: No such file or directory